Les signaux émis par les satellites sont complexes et contiennent en particulier des codes que l'armé américaine peut crypter à sa guise afin de se réserver les plus grandes précisions du système.

Le code C/A (pour coarse acquisition) permet actuellement de se positionner avec une précision de 50 à 100 mètres. Il est accessible à tout utilisateur civil, mais légèrement dégradé par un procédé appelé S/A (pour selective availabilityI). Les Etats Unis ont récemment annoncé qu'ils allaient bientôt abandonner le S/A, ce qui aura pour conséquence de permettre un positionnement, basé sur le code C/A, avec une précision meilleure que 50 mètres.

Le code P (pour precision) permet de se positionner avec une précision l'ordre de 10 mètres, voire meilleure. Il est actuellement crypté par le Département de la Défense américain par un processus appelé A/S (pour anti-spoofing) et n'est accessible qu'aux militaires américains. L'intérêt de crypter le code P est d'empêcher des puissances ennemies de retourner le GPS contre ses propriétaires américains en limitant la précision de positionnement en temps réel. Compte-tenu du développement des stations GPS mondiales de référence, qui permet d'obtenir un positionnement au mètre près en temps réel à partir du code C/A, le cryptage et la dégradation du GPS perdent toutefois de leur intérêt. La Maison Blanche l'a bien compris, mais tient malgré tout a répondre aux inquiétudes des militaires en continuant à dégrader les capacités du GPS pour les civils pendant encore 4 ans. Le temps pour le Pentagone de mettre au point une technologie de "combat électronique contre le GPS", qui leur permettra de détruire toute capacité ennemie à utiliser le GPS en cas de conflit armé.